Institutul nu este în prezent instituție organizatoare de doctorat, dar are membri care au condus recent, sau conduc în prezent teze de doctorat:

• Dr. rer. nat. habil. Nicolae Suciu este conducător de doctorat.
  El a condus teza Filtered density functions for uncertainty assessment of transport in groundwater, elaborată de către Lennart Schüler (susținută pe data de 8 Septembrie 2016) la Jena University, Germany. Teza a primit distincția Magna Cum Laudae.
• Prof. dr. I. Păvăloiu a condus 8 teze de doctorat.

In trecut, Institutul a fost instituție organizatoare de doctorat, acad. T. Popoviciu a condus teze de doctorat în cadrul Institutului.

Institutul a avut următorii membri conducători de doctorat (aceștia nu au condus doctorate în cadrul institutului): acad. Gh. Călugăreanu, prof. dr. doc. D.V. Ionescu, prof. dr. doc. I. Marușciac, prof. dr. doc. I. Muntean, prof. dr. doc. E. Popoviciu, prof. dr. doc. P. Mocanu.